Становление системной деятельности Службы специальной связи сопровождалось выстраиванием сетевой организационной структуры.
Первоначально она включала:
1. Центральное управление специальной связи, имевшее в своем составе семь отделов и одно отделение.
2. Республиканские отделы при Уполномоченных Народных комиссариатов связи союзных республик.
3. Краевые, областные и республиканские отделы и отделения при Управлениях связи краев, областей, автономных республик.
4. Отделения и пункты Спецсвязи при городских и районных конторах связи.
В довоенные годы, в период Великой Отечественной войны и в послевоенное время Спецсвязь работала под руководством и контролем партийных органов (обкомов и райкомов КПСС) и местных органов власти, постоянно опиралась на их помощь и содействие в комплектовании проверенными кадрами и в решении других вопросов.
Первые годы сопровождались серьезными трудностями: острой нехваткой транспорта и помещений, необходимостью срочной организации приема, обработки и доставки корреспонденции. Основным видом транспорта оставался гужевой, а в городах и районных центрах отправления часто доставлялись пешком.
Уже в первый год существования Спецсвязь доказала свою государственную значимость. География маршрутов постоянно расширялась, росло число задач и функций. К середине 1940 года численность сотрудников достигла 15 900 человек. Они имели значительные льготы: освобождение от подоходного налога, скидки на оплату жилья и 30 календарных дней отпуска. Работники, переведенные из фельдсвязи НКВД, сохраняли прежнюю форму, новым сотрудникам выдавалось форменное обмундирование связистов. Все они были вооружены револьверами системы Нагана.
В условиях напряженной внешнеполитической обстановки в конце 1940 года начальник Центрального управления специальной связи Петр Иванович Глинкин инициировал переподготовку личного состава Спецсвязи для работы в условиях войны.
Программа включала огневую, физическую и противохимическую подготовку, курсы гражданской противовоздушной обороны, изучение азбуки Морзе и радиосвязи, углубленную техническую подготовку водителей, а также заготовку продовольственных резервов во всех подразделениях.
Эти меры позволили Службе специальной связи подойти к началу Великой Отечественной войны организованной и готовой к выполнению задач особой важности.